En 1697 es nombrado maestro suplente del mismo Conservatorio y pocos años después (1705) sucede al anciano Provenzale como “primo maestro di Contrappunto e Composizione”, cargo que mantiene hasta 1740.

Edición discográfica con obras de Francesco Nicola Fago

Se casó el 23 de noviembre de 1701 con Caterina Speranza Grimaldi, hermana del  célebre cantante castrato Nicoló Grimaldi (llamado Cavalier Nicolino). De esta unión nacieron 11 hijos: Lorenzo (1704), Francesco (1705),Cristoforo (1707), Teresa (1708), Gennaro(1709), Caterina(1710), Federico(1712), Giuseppe(1714), Domenico(1718), Carlo(1719) y Saverio(?), de los cuales 5 murieron pequeños.

Entre 1704 y 1708 trabajó en el Conservatorio Sant´Onofrio. Desde 1705 hasta 1740 estuvo en el Conservatorio della Pietà dei Turchini; paralelamente desde 1709 sirvió como maestro di cappella en la Catedral del Tesoro di San Gennaro de Nápoles, donde su hijo Lorenzo lo sucedió en 1731. Trabajó en San Giacomo dei Spagnuoli desde 1736 hasta su muerte. Sus obras incluyen varias óperas, cantatas seculares y arias, y mucha música sacra.

Entre sus mejores alumnos figuran Nicola Sala, Leonardo Leo, Niccolò Jommelli, Giuseppe Farinelli Giuseppe de Majo , Carmine Giordano y Francesco Feo. Fago compuso música sacra y de teatro con un estilo elegante y puro, pero falto de originalidad.

Murió en Napoles y fue sepultado en la iglesia y Congregación de San Carlo dei 63 Sacerdoti e Altrettanti Benefattori. De sus hijos solo el primogénito, Lorenzo, siguió el modelo paterno y fue igualmente compositor y pedagogo en el Conservatorio della Pietà dei Turchini.